Yeast - Complete transcriptional map of chromosome XI

mips


ORFs YKL009w - YKR032w

 
Systematic nomenclature
Gene name
Unique-
ness
ORF size
Notes
RNA size
a YPGlu
a YPGly
a W0
alpha
YPGlu
alpha YPGly
alpha
W0
diploid YPGlu
diploid YPGly
diploid W0
YKL009w
   
708
 
1000
e
+
+
e
+
+
e
+
+
YKL008c
   
1254
 
1600
+
+
+
+
+
+
+
+
+
YKL007w
CAP1
(d)
804
 
1000
+
+
+
+
+
+
+
+
+
YKL006c-a
SFT1
(d)
297
30
550
+
+
+
+
+
+
+
+
+
YKL006w
 
(d)
414
30
-
                 
YKL005c
   
1782
 
2500
+
+
+
+
+
+
+
+
+
YKL004w
   
1203
 
-
                 
YKL003c
MRP17
 
393
 
-
                 
YKL002w
   
453
 
-
                 
YKL001c
MET14
(d)
606
 
-
                 
 
CENTROMERE
(d)
                       
YKR001c
VPS1
(d)
2112
 
2900
e
   
e
   
e
   
YKR002w
PAP1
 
1704
 
-
                 
YKR003w
   
1344
 
-
                 
YKR004c
   
876
 
-
                 
YKR005c
   
1341
 
-
                 
YKR006c
MRPL13
 
825
 
1100
+
+
+
+
+
+
+
+
+
YKR007w
   
552
 
800
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKR008w
 
(d)
1875
 
1800
2+
2+
2+
2+
2+
2+
2+
2+
2+
YKR009c
FOX2
 
2700
 
-
                 
tL(TTG)KR1
tRNA Leu3
     
-
                 
YKR010c
   
2313
 
-
                 
YKR011c
   
1059
 
-
                 
YKR012c
 
(d)
375
 
1350
+
+
+
+
+
+
+
+
+
YKR013w
 
(d)
987
 
1550
+
+
+
+
+
+
+
+
+
YKR014c
YPT52
(d)
702
 
-
                 
YKR015c
 
(d)
1704
 
-
                 
YKR016w
   
1620
 
2200
+
+
+
+
+
+
+
+
+
YKR017c
   
1653
 
-
                 
YKR018c
   
2175
 
2700
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKR019c
 
(d)
1845
 
-
                 
YKR020w
   
492
19
1650
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKR021w
   
2745
20
2800
e
e
e
e
e
e
e
e
e
       
20
3350
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKR022c
 
(d)
966
21
1500
e
e
e
e
e
e
e
e
e
       
21
1300
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKR023w
 
(d)
1590
 
2200
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKR024c
 
(d)
2226
 
2700
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKR025w
 
(d)
846
22
1700
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKR026c
GCN3
(d)
915
23
1400
e
e
e
e
e
e
e
e
e
       
23
1200
e
e
e
e
e
e
e
e
e
tR(CGH)K
tRNA Arg2
(d)
   
-
                 
YKR027w
 
(d)
2295
 
2900
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKR028w
SAP190
(d)
3294
 
3500
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKR029c
 
(d)
2253
 
-
                 
YKR030w
 
(d)
819
 
-
                 
YKR031c
SPO14
(d)
5049
 
-
                 
YKR032w
 
(d)
312
 
-
                 
 

Legend

ORFs and tRNA genes are listed from the left to the rigth telomere (column 1) with a corresponding gene symbol when defined (column 2). Column 3, a (d) indicates that the probe used contains duplicated sequnces (see Figure 1). In these cases, assignment of transcripts to an ORF or tRNA gene is only tentative. ORF sizes (column 4) are in nucleotides. Transcripts are assigned to ORFs as explained in text. RNA sizes are in nucleotides (column 6), a (-) indicates absence of detectable transcript in any condition. Columns 7 to 15, transcript levels under the various conditions are indicated as follows;2+, equivalent to actin level;+, ten to 100 times less than actin transcript; e, 100 to 1000 times less than actin transcript; void, no detectable transcript. For transcript level measurement, see the text and Materials and Methods. For YKL056c, YKL042w and YKL023w, the pattern of expression is ambiguous because on these Northern blots the actin signal was too low to be reliably quantifiable. Novel RNA (column 1): position of the three RNAs described in the text which cannot be assigned to any ORF or tRNA gene. Notes: ambiguous assignment is indicated by a number in column 5 (see the text): 1, 2, 6, 10, 21, 23: two transcripts compatible with ORF size, in a non-unique probe; 3, 8, 13, 16, 18, 19, 22: transcripts much longer than ORF size; 4, 27, 28: transcripts much shorter than ORF size; 5, 15, 17, 24, 25, 26, 30: one transcript cannot be assigned to one of two or three ORFs; 9, 12, 14, 20, 29: two transcripts compatible with ORF size, in a unique probe; 7, 11: two transcripts compatible with two ORF sizes.