Yeast - Complete transcriptional map of chromosome XI

mips


ORFs YKL098w - YKL057c

 
Systematic nomenclature
Gene name
Unique-
ness
ORF size
Notes
RNA size
a YPGlu
a YPGly
a W0
alpha
YPGlu
alpha YPGly
alpha
W0
diploid YPGlu
diploid YPGly
diploid W0
YKL098w
 
(d)
1071
 
-
                 
YKL097c
 
(d)
408
 
-
                 
YKL097w-a
CWP2
(d)
276
 
640
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKL096w
CWP1
(d)
717
 
-
                 
YKL095w
YJU2
(d)
834
 
1200
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKL094w
YJU3
(d)
939
13
2450
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKL093w
MBR1
(d)
1017
 
1600
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKL092c
BUD2
(d)
3312
 
-
                 
YKL091c
 
(d)
930
 
-
                 
YKL090w
 
(d)
1329
 
-
                 
YKL089w
MIF2
(d)
1647
 
-
                 
YKL088w
 
(d)
1713
 
-
                 
YKL087c
CYT2
(d)
672
 
-
                 
YKL086w
   
381
 
-
                 
YKL085w
MDH1
(d)
1002
 
1800
e
+
e
e
+
e
e
e
e
YKL084w
 
(d)
348
 
-
                 
YKL083w
 
(d)
612
 
-
                 
YKL082c
 
(d)
1302
 
-
                 
YKL081w
TEF4
(d)
1236
 
1850
+
+
e
+
+
e
e
+
e
YKL080w
VMA5
(d)
1176
 
1400
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKL079w
SMY1
 
1968
14
2400
e
e
e
e
e
e
e
e
e
       
14
1350
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKL078w
 
(d)
2205
 
2600
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKL077w
 
(d)
1176
 
1700
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKL076c
   
381
 
-
                 
YKL075c
   
1350
 
-
                 
YKL074c
MUD2
 
1581
 
1500
+
+
+
+
+
+
+
+
+
YKL073w
LHS1
 
2643
 
-
                 
YKL072w
   
2298
 
-
                 
tW(TGG)K
tRNA Trp
(d)
   
-
                 
YKL071w
   
768
15
950
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKL070w
   
507
15
-
                 
YKL069w
 
(d)
540
15
-
                 
tV(GTT)KL2
tRNA Val 1a
(d)
   
150
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKL068w
NUP100
(d)
2877
 
-
                 
tH(CAY)K
tRNA His2
     
-
                 
YKL067w 
YNK1
 
459
 
-
                 
YKL066w
   
441
 
-
                 
YKL065c
   
618
 
-
                 
YKL064w
   
2907
 
-
                 
YKL063c
   
501
 
-
                 
YKL062w
MSN4
 
1890
 
-
                 
YKL061w
   
339
 
-
                 
YKL060c
FBA1
(d)
1077
 
1350
2+
2+
+
2+
2+
+
2+
2+
+
YKL059c
 
(d)
1323
 
1350
+
+
+
+
+
+
+
+
+
YKL058w
TOA2
(d)
366
 
-
                 
YKL057c
NUP120
(d)
3117
 
-
                 
 

Legend

ORFs and tRNA genes are listed from the left to the rigth telomere (column 1) with a corresponding gene symbol when defined (column 2). Column 3, a (d) indicates that the probe used contains duplicated sequnces (see Figure 1). In these cases, assignment of transcripts to an ORF or tRNA gene is only tentative. ORF sizes (column 4) are in nucleotides. Transcripts are assigned to ORFs as explained in text. RNA sizes are in nucleotides (column 6), a (-) indicates absence of detectable transcript in any condition. Columns 7 to 15, transcript levels under the various conditions are indicated as follows;2+, equivalent to actin level;+, ten to 100 times less than actin transcript; e, 100 to 1000 times less than actin transcript; void, no detectable transcript. For transcript level measurement, see the text and Materials and Methods. For YKL056c, YKL042w and YKL023w, the pattern of expression is ambiguous because on these Northern blots the actin signal was too low to be reliably quantifiable. Novel RNA (column 1): position of the three RNAs described in the text which cannot be assigned to any ORF or tRNA gene. Notes: ambiguous assignment is indicated by a number in column 5 (see the text): 1, 2, 6, 10, 21, 23: two transcripts compatible with ORF size, in a non-unique probe; 3, 8, 13, 16, 18, 19, 22: transcripts much longer than ORF size; 4, 27, 28: transcripts much shorter than ORF size; 5, 15, 17, 24, 25, 26, 30: one transcript cannot be assigned to one of two or three ORFs; 9, 12, 14, 20, 29: two transcripts compatible with ORF size, in a unique probe; 7, 11: two transcripts compatible with two ORF sizes.