Yeast - Complete transcriptional map of chromosome XI

mips


ORFs YKL225w - YKL183w

 
Systematic nomenclature
Gene name
Unique-
ness
ORF size
Notes
RNA size
a
YPGlu
a
YPGly
a
W0
alpha
YPGlu
alpha
YPGly
alpha
W0
diploid
YPGlu
diploid
YPGly
diploid
W0
YKL225w
 
(d)
345
 
-
                 
YKL224c
 
(d)
369
 
-
                 
YKL223w
   
330
 
950
 
+
   
+
       
YKL222c
 
(d)
2115
 
-
                 
YKL221w
 
(d)
1419
 
-
                 
YKL220c
FRE2
(d)
2133
 
-
                 
YKL219w
 
(d)
1221
 
-
                 
YKL218c
 
(d)
978
 
-
                 
YKL217w
JEN1
(d)
1848
1
1900
 
+
   
+
   
+
 
       
1
2200
 
+
   
+
       
YKL216w
URA1
(d)
942
2
1400
   
+
   
+
   
+
       
2
1200
 
2+
   
2+
       
YKL215c
 
(d)
3858
 
-
                 
YKL214c
   
609
 
-
                 
YKL213c
DOA1
(d)
2145
 
2700
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKL212w
SAC1
 
1869
 
2300
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKL211c
TRP3
 
1452
 
-
                 
YKL210w
UBA1
 
3072
 
-
                 
YKL209c
STE6
(d)
3870
 
-
                 
tT(ACG)K
tRNA Thr2
(d)
   
150
+
+
+
+
+
+
+
+
+
YKL208w
 
(d)
813
 
-
                 
YKL207w
   
780
 
820
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKL206c
   
801
 
-
                 
YKL205w
LOS1
(d)
3300
 
4250
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKL204w
 
(d)
1896
 
2050
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKL203c
TOR2
(d)
7419
 
-
                 
YKL202w
 
(d)
579
 
970
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKL201c
 
(d)
1617
3
3800
+
+
+
+
+
+
+
+
+
YKL200c
 
(d)
1194
3
4900
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKL199c
   
561
 
-
                 
YKL198c
POT1
 
1680
 
-
                 
YKL197c
PEX1
 
3129
 
2900
 
+
   
+
   
+
 
tN(AAY)K
tRNA Asn
     
-
                 
YKL196c
   
600
 
-
                 
YKL195w
   
1281
 
-
                 
YKL194c
MST1
 
1386
 
-
                 
YKL193c
SDS22
 
1014
 
2000
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKL192c
 
(d)
375
 
600
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKL191w
DPH2
(d)
1602
 
3000
 
e
   
e
       
YKL190w
CNB1
 
525
 
-
                 
tL(TTR)KL1
tRNA Leu4
     
-
                 
YKL189w
   
1197
 
-
                 
YKL188c
   
2559
 
-
                 
YKL187c
 
(d)
2250
 
2950
 
e
   
e
   
e
 
YKL186c
MTR2
(d)
552
 
-
                 
YKL185w
ASH1
(d)
1764
 
-
                 
YKL184w
ORD1
 
1398
 
-
                 
YKL183w
   
918
 
-
                 
  
Legend

ORFs and tRNA genes are listed from the left to the rigth telomere (column 1) with a corresponding gene symbol when defined (column 2). Column 3, a (d) indicates that the probe used contains duplicated sequnces (see Figure 1). In these cases, assignment of transcripts to an ORF or tRNA gene is only tentative. ORF sizes (column 4) are in nucleotides. Transcripts are assigned to ORFs as explained in text. RNA sizes are in nucleotides (column 6), a (-) indicates absence of detectable transcript in any condition. Columns 7 to 15, transcript levels under the various conditions are indicated as follows;2+, equivalent to actin level;+, ten to 100 times less than actin transcript; e, 100 to 1000 times less than actin transcript; void, no detectable transcript. For transcript level measurement, see the text and Materials and Methods. For YKL056c, YKL042w and YKL023w, the pattern of expression is ambiguous because on these Northern blots the actin signal was too low to be reliably quantifiable. Novel RNA (column 1): position of the three RNAs described in the text which cannot be assigned to any ORF or tRNA gene. Notes: ambiguous assignment is indicated by a number in column 5 (see the text): 1, 2, 6, 10, 21, 23: two transcripts compatible with ORF size, in a non-unique probe; 3, 8, 13, 16, 18, 19, 22: transcripts much longer than ORF size; 4, 27, 28: transcripts much shorter than ORF size; 5, 15, 17, 24, 25, 26, 30: one transcript cannot be assigned to one of two or three ORFs; 9, 12, 14, 20, 29: two transcripts compatible with ORF size, in a unique probe; 7, 11: two transcripts compatible with two ORF sizes.