Yeast - Complete transcriptional map of chromosome XI

mips


ORFs YKR033c - YKR075c

 
Systematic  nomenclature
Gene name
Unique-
ness
ORF size
Notes
RNA size
a YPGlu
a YPGly
a W0
alpha
YPGlu
alpha YPGly
alpha
W0
diploid YPGlu
diploid YPGly
diploid W0
YKR033c
 
(d)
423
 
-
                 
YKR034w
DAL80
(d)
807
 
1000
+
+
+
+
+
+
+
+
+
YKR035c
 
(d)
639
 
900
+
+
+
+
+
+
+
+
+
YKR036c
 
(d)
1977
 
-
                 
YKR037c
 
(d)
885
 
1150
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKR038c
 
(d)
1263
 
1350
e
e
e
e
e
e
e
e
e
tD(GTC)K
tRNA Asp
(d)
   
130
+
+
+
+
+
+
+
+
+
YKR039w
GAP1
(d)
1806
 
-
                 
tA(AGC)KR1
tRNA Ala1
(d)
   
-
                 
YKR040c
 
(d)
501
 
-
                 
YKR041w
 
(d)
750
 
-
                 
Novel RNA
 
(d)
   
7500
+
+
+
+
+
+
     
YKR042w
UTH1
(d)
1350
 
1600
+
+
+
+
+
+
     
YKR043c
 
(d)
813
 
-
                 
YKR044w
 
(d)
1329
 
2500
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKR045c
   
573
 
-
                 
YKR046c
   
849
 
-
                 
YKR047w
   
303
 
-
                 
YKR048c
NAP1
 
1251
 
-
                 
YKR049c
   
399
 
-
                 
YKR050w
TRK2
 
2667
 
2500
   
e
   
e
     
YKR051w
   
1254
24
1800
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKR052c
MRS4
 
912
 
-
                 
YKR053c
   
1212
24
-
                 
YKR054c
DYN1
 
12276
 
-
                 
YKR055w
RHO4
 
873
 
-
                 
YKR056w
NUD1
 
1851
24
-
                 
YKR057w
RPS25A
 
261
 
-
                 
YKR058w
GLG1
 
1440
 
-
                 
YKR059w
TIF1
(d)
1185
 
-
                 
YKR060w
 
(d)
822
 
-
                 
YKR061w
KTR2
 
1275
25
1700
e
e
e
e
e
e
e
e
e
Novel RNA
 
(d)
   
430
+
+
+
+
+
+
+
+
+
YKR062w
TFA2
(d)
984
 
-
                 
YKR063c
LAS1
 
1506
25
-
                 
YKR064w
 
(d)
2589
 
2700
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKR065c
 
(d)
591
 
940
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKR066c
CCP1
(d)
1083
 
1300
e
e
+
e
e
+
e
e
+
YKR067w
   
2229
 
2600
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKR068c
BET3
 
579
 
-
                 
YKR069w
   
1779
 
-
                 
YKR070w
   
1056
 
-
                 
YKR071c
   
1044
 
1850
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKR072c
SIS2
 
1686
 
2300
e
e
e
e
e
e
e
e
e
YKR073c
   
318
 
-
                 
tK(TTT)KR1
tRNA Lys2
(d)
   
-
                 
YKR074w
 
(d)
465
 
-
                 
YKR075c
 
(d)
921
 
-
                 
 

Legend

ORFs and tRNA genes are listed from the left to the rigth telomere (column 1) with a corresponding gene symbol when defined (column 2). Column 3, a (d) indicates that the probe used contains duplicated sequnces (see Figure 1). In these cases, assignment of transcripts to an ORF or tRNA gene is only tentative. ORF sizes (column 4) are in nucleotides. Transcripts are assigned to ORFs as explained in text. RNA sizes are in nucleotides (column 6), a (-) indicates absence of detectable transcript in any condition. Columns 7 to 15, transcript levels under the various conditions are indicated as follows;2+, equivalent to actin level;+, ten to 100 times less than actin transcript; e, 100 to 1000 times less than actin transcript; void, no detectable transcript. For transcript level measurement, see the text and Materials and Methods. For YKL056c, YKL042w and YKL023w, the pattern of expression is ambiguous because on these Northern blots the actin signal was too low to be reliably quantifiable. Novel RNA (column 1): position of the three RNAs described in the text which cannot be assigned to any ORF or tRNA gene. Notes: ambiguous assignment is indicated by a number in column 5 (see the text): 1, 2, 6, 10, 21, 23: two transcripts compatible with ORF size, in a non-unique probe; 3, 8, 13, 16, 18, 19, 22: transcripts much longer than ORF size; 4, 27, 28: transcripts much shorter than ORF size; 5, 15, 17, 24, 25, 26, 30: one transcript cannot be assigned to one of two or three ORFs; 9, 12, 14, 20, 29: two transcripts compatible with ORF size, in a unique probe; 7, 11: two transcripts compatible with two ORF sizes.